Al igual que muchos otros juegos de Nintendo del momento, Mario Bros. cuenta con un sistema de puntuación. Los puntos pueden ser obtenidos de varias maneras, ya sea por recoger monedas o derrotando enemigos. El jugador puede obtener puntos por derrotar a varios enemigos uno tras otro, y luego podrá participar en una ronda de bonos que le da la oportunidad de reunir más puntos.